VetInSilico Hub
17 инструментов для in silico исследований ветеринарии — от drug repurposing до CRISPR, филогении и AI-диагностики. Гибрид: эвристики в браузере + FOSS ML через HuggingFace + RDKit.js WASM.
Фармакология
Drug repurposing, ADMET, PK/PD — поиск и оценка препаратов
Drug Repurposing
Скрининг 200+ препаратов с LLM-анализом
In silico docking — выбираем патоген, считаем score сродства для всех препаратов. 3D визуализация белок-лиганд через 3Dmol.js + LLM-анализ кандидатов через Qwen 3B. Экспорт в CSV.
ADMET Predictor
Фармакокинетика и токсичность
Из молекулярных свойств препарата (MW, LogP, заряд, HBD/HBA) предсказываем: биодоступность, BBB, hERG, AMES, гепатотоксичность, CYP3A4, drug-likeness. Path B: ML через Qwen LLM на SMILES.
PK/PD Simulator
Концентрация-время + dose-response
Однокомпартментная PK модель. PD-индексы: AUC/MIC (фторхинолоны), Cmax/MIC (аминогликозиды), T>MIC (β-лактамы). 6 препаратов с реальными ветеринарными параметрами.
Antibiotic Dose Calculator
Дозировка по весу/виду/возрасту
36 схем дозирования для 6 видов животных (свинья, КРС, птица, собака, кошка, лошадь). Расчёт по весу, коррекция на возраст, концентрацию, стоимость курса. Plumb's + РФ реестр.
Protein Structure Viewer
3D визуализация PDB структур
Просмотр 3D структур белков из RCSB PDB через 3Dmol.js. 5 стилей: cartoon, stick, sphere, surface, lines. Лиганды и ионы металлов выделяются. 8 готовых структур.
Вакцины и диагностика
Эпитопы, праймеры, резистентность — дизайн вакцин и ПЦР-детекция
Vaccine Epitopes
B + T эпитопы с ESM-2 ML
Линейные B-эпитопы (Hopp-Woods, Chou-Fasman, Karplus-Schulz, Emini) + MHC-I 9-меры (HLA-A*02:01). ML-оценка naturalness через ESM-2 (Facebook protein language model).
Vaccine Designer
Multi-epitope конструкт end-to-end
Полный пайплайн: предсказание B+T эпитопов → сборка с GPGPG-линкерами → сигнальный пептид + His-tag → кодон-оптимизация → GenBank экспорт.
Sequence ID
BLAST-идентификация последовательностей
Что это за последовательность? BLAST против NCBI GenBank → топ-совпадения + рекомендация инструмента VetInSilico. Для неизвестных образцов из поля.
Outbreak Surveillance
Филогения + часы + AMR в одном пайплайне
Комбинированный анализ вспышки: филогенетическое дерево (UPGMA + Kimura 2P), молекулярные часы (TMRCA), AMR-сканирование. Для полевых изолятов ASFV/FMDV.
ML Toxicity
ChemBERTa классификаторы токсичности
Реальные ML-модели (не LLM-угадайка): Ames, hERG, DILI, ClinTox, сенсибилизация кожи. 5 эндпоинтов через HF Inference API.
Variant Effect
ESM-2 Δ-log-likelihood
Предсказание эффекта аминокислотных замен через ESM-2 650M. Антигенный дрейф, AMR, вакцинный эскейп. ΔLL: положительный = делеиторная.
Structure Prediction
ESMFold — 3D структура из последовательности
Предсказание 3D-структуры белка через ESMFold (Meta AI). PDB + pLDDT confidence. Визуализация в 3Dmol.js. Для любых последовательностей из поля.
PCR Primer Designer
SantaLucia NN + DP + LLM
Tm (nearest-neighbor SantaLucia 1998), GC%, hairpin DP, self/cross-dimers ΔG, 3'-end stability, GC-clamp. ML-анализ специфичности и рисков через Qwen 3B.
AMR Predictor
Резистентность к антибиотикам
По гену-мишени (GyrA, RpoB, PBP, 16S rRNA) предсказываем резистентность. Rule-based мутации (CARD/ResFinder) + motif search (blaTEM, ermB, tetM, qnrA). 7 классов антибиотиков.
CRISPR gRNA Designer
Дизайн guide RNA для SpCas9
Поиск NGG PAM на обеих цепях, on-target score (Doench 2016 упрощённо), off-target проверка против геномов хозяев, GC content, hairpin ΔG. Для редактирования CD163, ANP32A, MSTN.
Codon Optimization
Оптимизация кодонов под вид
Оптимизация ДНК для экспрессии в свинье/КРС/курице/E. coli. Таблицы Kazusa, CAI (Codon Adaptation Index), избегание сайтов рестриктаз и шпилек. Для рекомбинантных вакцин.
AI Veterinarian
Дифференциальный диагноз через LLM
Вводишь вид + возраст + симптомы → дифференциальный диагноз с вероятностями, рекомендуемые тесты, уровень срочности. LLM Qwen-Coder-3B через HuggingFace.
Геномика
Alignment, филогения, рестрикция — сравнение и картирование последовательностей
Sequence Alignment
Needleman-Wunsch + Smith-Waterman
Попарное выравнивание (глобальное и локальное). Скоринг через BLOSUM62 (белки) или match/mismatch (ДНК). Identity, similarity, gaps, score.
Phylogenetic Tree
UPGMA + Neighbor-Joining
Дерево из гомологичных последовательностей. Kimura 2-parameter (ДНК), p-distance (белки). Newick export + SVG dendrogram + heatmap distance matrix.
Restriction Map
Карта сайтов рестриктаз
30+ рестриктаз (EcoRI, BamHI, HindIII, SmaI, NotI, SfiI...). IUPAC-коды. Линейная карта разрезов, размеры фрагментов, виртуальный гель-электрофорез.
Plasmid Map Designer
ORF + restriction sites на плазмиде
Анализ плазмид: поиск ORF (ATG/GTG/TTG → stop на обеих цепях), сайты рестриктаз, GC content. Circular SVG карта с ORF дугами и cut site метками.
Molecular Clock Calculator
Время расхождения по генетическому расстоянию
Оценка времени расхождения по формуле T = d / (2r). 12 опубликованных clock rates (ASFV, Influenza, Rabies, FMDV, BVDV, Brucella, mtDNA...). 95% CI.
Диагностика и инструменты
ELISA, AI ветврач — лабораторные и клинические инструменты
Что такое in silico?
In silico — исследования, проводимые на компьютере с помощью вычислительных методов. В биомедицине: предсказание свойств молекул, виртуальный скрининг, молекулярный докинг, дизайн вакцин и праймеров — всё без пробирок.
В ветеринарии особенно ценно: для большинства патогенов животных (АЧС, ящур, бешенство) нет специфических лекарств, а разработка нового препарата занимает 10-15 лет. Эти инструменты помогают генерировать гипотезы за минуты, экономя месяцы лабораторной работы.